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大學多元入學雖然能讓學生避免「一試定終身」，但考生所需負擔的金額也有可能跟著「水漲船高」，為了能把學生及家長的負擔減輕，教育部於102學年度大學甄選，第一次對中低收入戶考生提供減免30%報名費的補助。但目前全台灣約70所大學中，僅清華和淡江等36所配合將申請入學第二階段的費用減免，而包括台大、成大在內的近半數大學，都沒把弱勢生的補助門檻放寬至中低收入戶。
▼台大並未提供中低收入戶考生在第二階段7折報名費的優惠。(圖／翻攝搶救台大校門口網頁)
考生在大學甄選入學最多能填6個志願，要是6個都填滿，報考的又是外縣市學校，那麼報名費、交通費和住宿費用加起來就要幾千至上萬元不等，許多人認為這對於經濟狀況不佳的考生不利。
依現有規定來說，一般考生如果參加繁星推薦，每人報名費為200元，個人申請的第一階段為每科系100元、第二階段每科系則要500至1500元，而低收入戶學生在甄選入學的所有報名費都免費；但102學年度開始，參與繁星推薦與個人申請第一階段的中低收入戶學生，報名費都可以打7折，不過第二階段的7折報名費優惠僅36所大學提供。
不過在各項報名費中，最花錢的就是第二階段，要是用每科系1000元計算，考生如果把6個志願填滿而且又進到第2階段，僅報名費就需要6600元，如果可以打7折，等於能省下1980元，對中低收入戶學生也是不小的幫助。
台大在甄選入學第2階段全都收費1500元，該校教務長莊榮輝說，中低收入戶的認定很寬鬆，以台大之前發獎學金的經驗來說，只要學生找里長開證明，就可以拿到中低收入證明。莊榮輝表示台大並非不想幫忙弱勢生，而是覺得要符合社會正義，幫助真正弱勢者。
成大同樣沒在第二階端給予7折優惠，校長黃煌煇指出，因為該校一直努力把申請入學的報名費調降，像是102學年度，光電科學系及工程學系的報名費就從1500元調整為1000元，因此才沒再另外補助中低收入戶學生。
清大教務長陳信文則提到，家境不好的學生可以進入頂尖大學第二階段的人不多，而且提供報名費7折的補助對學校財務不會有負擔，清大認為應該要給弱勢者比較多的機會，所以對於教育部協助弱勢的政策一直都很支持。
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